Как проверить связь blas/lapack в numpy/scipy?

Я строю свою среду numpy/scipy на основе blas и lapack более или менее на основе этой прогулка по.

когда я закончу, как я могу проверить, что мои функции numpy/scipy действительно используют ранее построенные функции blas/lapack?

5 114
python numpy scipy blas lapack

5 ответов:

то, что вы ищете это: сведения о системе

я скомпилировал numpy/scipy с atlas, и я могу проверить это с помощью:

import numpy.distutils.system_info as sysinfo
sysinfo.get_info('atlas')

проверьте документацию для получения дополнительных команд.

27

метод numpy.__config__.show() выводит информацию о связывании, собранную во время сборки. Мой вывод выглядит так. Я думаю, что это означает, что я использую BLAS/LAPACK, который поставляется с Mac OS. 

>>>import numpy as np
>>>np.__config__.show()

lapack_opt_info:
    extra_link_args = ['-Wl,-framework', '-Wl,Accelerate']
    extra_compile_args = ['-msse3']
    define_macros = [('NO_ATLAS_INFO', 3)]
blas_opt_info:
    extra_link_args = ['-Wl,-framework', '-Wl,Accelerate']
    extra_compile_args = ['-msse3', '-I/System/Library/Frameworks/vecLib.framework/Headers']
    define_macros = [('NO_ATLAS_INFO', 3)]
258

как он использует динамически загруженной версии, вы можете просто сделать это:

$ ldd anyoftheCmodules.so

здесь anyoftheCmodules.so может быть, например, numpy/core/_dotblas.so, к libblas.so.

11

вы можете использовать инструмент зависимости загрузчика ссылок, чтобы посмотреть на компоненты крюка уровня C вашей сборки и посмотреть, имеют ли они внешние зависимости от ваших blas и lapack выбора. Я не рядом с Linux box прямо сейчас, но на машине OS X вы можете сделать это внутри каталога site-packages, который содержит установки:

$ otool -L numpy/core/_dotblas.so 
numpy/core/_dotblas.so:
    /System/Library/Frameworks/Accelerate.framework/Versions/A/Accelerate (compatibility version 1.0.0, current version 4.0.0)
    /usr/lib/libSystem.B.dylib (compatibility version 1.0.0, current version 125.2.0)
    /System/Library/Frameworks/vecLib.framework/Versions/A/vecLib (compatibility version 1.0.0, current version 268.0.1)

$ otool -L scipy/linalg/flapack.so 
scipy/linalg/flapack.so (architecture i386):
    /System/Library/Frameworks/Accelerate.framework/Versions/A/Accelerate (compatibility version 1.0.0, current version 4.0.0)
    /usr/local/lib/libgcc_s.1.dylib (compatibility version 1.0.0, current version 1.0.0)
    /usr/lib/libSystem.B.dylib (compatibility version 1.0.0, current version 111.1.4)
    /System/Library/Frameworks/vecLib.framework/Versions/A/vecLib (compatibility version 1.0.0, current version 242.0.0)
scipy/linalg/flapack.so (architecture ppc):
    /System/Library/Frameworks/Accelerate.framework/Versions/A/Accelerate (compatibility version 1.0.0, current version 4.0.0)
    /usr/local/lib/libgcc_s.1.dylib (compatibility version 1.0.0, current version 1.0.0)
    /usr/lib/libSystem.B.dylib (compatibility version 1.0.0, current version 111.1.4)

$ otool -L scipy/linalg/fblas.so 
scipy/linalg/fblas.so (architecture i386):
    /System/Library/Frameworks/Accelerate.framework/Versions/A/Accelerate (compatibility version 1.0.0, current version 4.0.0)
    /usr/local/lib/libgcc_s.1.dylib (compatibility version 1.0.0, current version 1.0.0)
    /usr/lib/libSystem.B.dylib (compatibility version 1.0.0, current version 111.1.4)
    /System/Library/Frameworks/vecLib.framework/Versions/A/vecLib (compatibility version 1.0.0, current version 242.0.0)
scipy/linalg/fblas.so (architecture ppc):
    /System/Library/Frameworks/Accelerate.framework/Versions/A/Accelerate (compatibility version 1.0.0, current version 4.0.0)
    /usr/local/lib/libgcc_s.1.dylib (compatibility version 1.0.0, current version 1.0.0)
    /usr/lib/libSystem.B.dylib (compatibility version 1.0.0, current version 111.1.4)

заменить ldd на месте otool в системе GNU/Linux и вы должны получить ответы, которые вам нужны.

7

вы можете отображать BLAS, LAPACK, MKL связь с помощью show_config():

import numpy as np
np.show_config()

что для меня дает выход:

mkl_info: libraries = ['mkl_rt', 'pthread'] library_dirs = ['/my/environment/path/lib'] define_macros = [('SCIPY_MKL_H', None), ('HAVE_CBLAS', None)] include_dirs = ['/my/environment/path/include'] blas_mkl_info: libraries = ['mkl_rt', 'pthread'] library_dirs = ['/my/environment/path/lib'] define_macros = [('SCIPY_MKL_H', None), ('HAVE_CBLAS', None)] include_dirs = ['/my/environment/path/include'] blas_opt_info: libraries = ['mkl_rt', 'pthread'] library_dirs = ['/my/environment/path/lib'] define_macros = [('SCIPY_MKL_H', None), ('HAVE_CBLAS', None)] include_dirs = ['/my/environment/path/include'] lapack_mkl_info: libraries = ['mkl_rt', 'pthread'] library_dirs = ['/my/environment/path/lib'] define_macros = [('SCIPY_MKL_H', None), ('HAVE_CBLAS', None)] include_dirs = ['/my/environment/path/include'] lapack_opt_info: libraries = ['mkl_rt', 'pthread'] library_dirs = ['/my/environment/path/lib'] define_macros = [('SCIPY_MKL_H', None), ('HAVE_CBLAS', None)] include_dirs = ['/my/environment/path/include']

2