r / sciplot: накладывающиеся усы в lineplot.CI

При построении графика взаимодействия с использованием lineplot.CI в библиотеке sciplot полосы ошибок могут перекрываться между группами. Например, 

data = c(1,5,3,7,3,7,5,9)
grp1 = c(1,1,1,1,2,2,2,2)
grp2 = c(1,1,2,2,1,1,2,2)
lineplot.CI(grp1, data, grp2)

Группы можно разделить вдоль оси x, добавив джиттер к переменной группировки и установив значение x. cont равным TRUE, но это приведет к исчезновению линий на графике: 

data = c(1,5,3,7,3,7,5,9)
grp1 = c(1,1,1,1,2,2,2,2) + c(-0.05, -0.05, 0.05, 0.05, -0.05, -0.05, 0.05, 0.05)
grp2 = c(1,1,2,2,1,1,2,2)
lineplot.CI(grp1, data, grp2, x.cont=TRUE)

Можно ли заставить линии появляться и дрожать точки, чтобы полосы ошибок не перекрывались? Или есть лучший способ сделать такой сюжет?

1 2
confidence-interval

1 ответ:

Для этого можно использовать ggplot2. Вот пример со встроенным набором данных (так как у меня нет ваших стандартных ошибок или CIs). Ключ заключается в использовании position_dodge().

ToothGrowth$dose.cat <- factor(ToothGrowth$dose, labels=paste("d", 1:3, sep=""))
df <- with(ToothGrowth , aggregate(len, list(supp=supp, dose=dose.cat), mean))
df$se <- with(ToothGrowth , aggregate(len, list(supp=supp, dose=dose.cat), 
              function(x) sd(x)/sqrt(10)))[,3]

opar <- theme_update(panel.grid.major = theme_blank(),
                     panel.grid.minor = theme_blank(),
                     panel.background = theme_rect(colour = "black"))

xgap <- position_dodge(0.2)
gp <- ggplot(df, aes(x=dose, y=x, colour=supp, group=supp))
gp + geom_line(aes(linetype=supp), size=.6, position=xgap) + 
     geom_point(aes(shape=supp), size=3, position=xgap) + 
     geom_errorbar(aes(ymax=x+se, ymin=x-se), width=.1, position=xgap)
theme_set(opar)

Введите описание изображения здесь

4