Статические и динамические связи конфликты и дублирование

Короче говоря: это зависит от вариантов dlopen. По умолчанию, если символ, необходимый запрашиваемой библиотеке, уже существует в глобальной области, он будет использован повторно (это то, что вы хотите). Но вы можете обойти это поведение с помощью RTLD_DEEPBIND, с этим флагом зависимости не будут повторно использоваться из глобальной области и будут загружены во второй раз.

Вот некоторый код, чтобы воспроизвести вашу ситуацию и продемонстрировать эффект этого флага.

Давайте создадим общую библиотеку, которая будет использоваться обеими lib A и программа эта библиотека будет существовать в двух версиях.

$ cat libcommon_v1.c 
int common_func(int a)
{
    return a+1;
}
$ cat libcommon_v2.c 
int common_func(int a)
{
    return a+2;
}

Теперь давайте напишем lib A, который использует libcommon_v2:

$ cat liba.c 
int common_func(int a);

int a_func(int a)
{
    return common_func(a)+1;
}

И, наконец, программа B, которая динамически связывается с libcommon_v1 и dlopens lib A:

$ cat progb.c
#include <stdio.h>
#include <dlfcn.h>

int common_func(int a);
int a_func(int a);

int main(int argc, char *argv[])
{
    void *dl_handle;
    int (*a_ptr)(int);
    char c;

    /* just make sure common_func is registered in our global scope */
    common_func(42);

    printf("press 1 for global scope lookup, 2 for deep bind\n");
    c = getchar();
    if(c == '1')
    {
        dl_handle = dlopen("./liba.so", RTLD_NOW);
    }
    else if(c == '2')
    {
        dl_handle = dlopen("./liba.so", RTLD_NOW | RTLD_DEEPBIND);
    }
    else
    {
        printf("wrong choice\n");
        return 1;
    }
    if( ! dl_handle)
    {
        printf("dlopen failed: %s\n", dlerror());
        return 2;
    }
    a_ptr = dlsym(dl_handle, "a_func");
    if( ! a_ptr)
    {
        printf("dlsym failed: %s\n", dlerror());
        return 3;
    }

    printf("calling a_func(42): %d\n", (*a_ptr)(42));

    return 0;
}

Давайте построим и запустим все вещи:

$ export LD_LIBRARY_PATH=.
$ gcc -o libcommon_v1.so -fPIC -shared libcommon_v1.c
$ gcc -o libcommon_v2.so -fPIC -shared libcommon_v2.c
$ gcc -Wall -g -o progb progb.c -L. -lcommon_v1 -ldl
$ gcc -o liba.so -fPIC -shared liba.c -L. -lcommon_v2
$ ./progb 
press 1 for global scope lookup, 2 for deep bind
1
calling a_func(42): 44
$ ./progb 
press 1 for global scope lookup, 2 for deep bind
2
calling a_func(42): 45

Мы можем ясно видеть, что с опциями по умолчанию dlopen повторно использует символ common_func, который присутствовал в программе B, и что с RTLD_DEEPBIND libcommon был загружен снова, и библиотека A получила свою собственную версию common_func.