ошибка загрузки rJava в RStudio / R после "обновления" до OSX Yosemite

на OSX El Capitan 10.11 у пользователя нет разрешения на запись в /usr/lib. Вместо этого, используйте следующую команду:

sudo ln -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

вы можете загрузить libjvm.dylib явно, путем запуска, как

dyn.load('/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_66.jdk/Contents/Home/jre/lib/server/libjvm.dylib')
library(rJava)

на macOS High Sierra (10.13.1) и Java версии 9 вы должны использовать немного другой путь JVM (обратите внимание на отсутствие jre папка в пути по сравнению с инструкциями для более ранних версий Java):

sudo ln -f -s $(/usr/libexec/java_home)/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

вы также должны уведомить R о JVM:

MY_R_VERSION=$(Rscript -e "cat(with(R.version, sprintf('%s.%s', major, substring(minor, 1, 1))))")
ln -s /usr/local/lib/libjvm.dylib /Library/Frameworks/R.framework/Versions/$MY_R_VERSION/Resources/lib/

следующая команда работает:

sudo ln -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

после этого, в RStudio, загрузка rJava работает через загрузку пакета "xlsx".

library("xlsx")

С. п. #1 окружающая среда: Мас OS X Эль-Капитан 10.11.3+ С в RStudio 0.99.491+ и R 3.2.3+. (Теперь я проверил это также на macOS Sierra (10.12) и R. 3.3.1.)

С. п. #2 я считаю, что openxlsx намного быстрее и не полагается на Java для работы, поэтому я теперь использую этот пакет. Надеюсь, что это поможет другим.

вот как я настроил его работу правильно на двух Mac под управлением Mac OS X El Capitan (10.11.6):

1. удалите 'rJava', выполнив следующие команды в окне терминала:

   Rscript -e 'remove.packages("rJava")'
   sudo Rscript -e 'remove.packages("rJava")'
   

2. Загрузите и установите программное обеспечение Java от Oracle:https://www.java.com/en/download/mac_download.jsp

3. добавить следующие строки /Users/<userid>/.bashrc С помощью вашего любимого редактор:

   # Set JAVA_HOME so rJava package can find it
   export JAVA_HOME=$(/usr/libexec/java_home -v 1.8)/jre
   

4. закройте и перезапустите любой терминал, R и RStudio windows (чтобы забрать изменения в .bashrc).

5. выполните следующую команду в окне терминала:

   sudo ln -sf $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib
   

6. выполните следующую команду в окне терминала:

   sudo Rscript -e 'install.packages("rJava", repos="http://rforge.net", type="source")'
   

вы должны быть в состоянии использовать CRAN rJava, без необходимости перекомпилировать rJava или выполните дополнительные действия, связав общую библиотеку с каталогом библиотеки R Framework.

sudo ln -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /Library/Frameworks/R.framework/Libraries

вот простые шаги для этого:

1. удалить пакет rJava: удалить.пакеты(rJava)
2. закрыть R
3. установите последнюю версию Java на вашем mac
4. откройте терминал и введите следующую команду: sudo R CMD javareconf

5. откройте R и установите rJava с помощью этой команды:

   установить.пакеты ("rJava", dependencies=TRUE, type= "source")

изображение не найдено проблема существует с совершенно новой установки на OSX High Sierra с последней Java SE 10 JDK.

Я смог решить проблему пути с rJava, используя исправление, найденное на странице проблем rJava Github: https://github.com/s-u/rJava/issues/78

R CMD javareconf JAVA_CPPFLAGS= - I/System/Library/Frameworks / JavaVM.рамки/заголовки

вот что работало для меня на MAC:

1. в своем ~/.profile или ~/.bashrc добавьте следующую строку: %export JAVA_HOME=/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_102.jdk/Contents/Home

   1.1 % source .profile (или % source .bashrc)

2. % sudo ln -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib
3. remove.packages(rJava)
4. remove.packages(Rweka)
5. из терминала введите следующую команду: %sudo R CMD javareconf
6. install.packages("rJava", dependencies = TRUE, type = "source")
7. install.packages("rJava", dependencies = TRUE, type = "source")
8. загрузить library("rJava", "RWeka")

удачи.

может быть, еще один простой ответ, который не касается вашей файловой системы:

$ install_name_tool -add_rpath /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_131.jdk/Contents/Home/jre/lib/server /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/rJava/libs/rJava.so

(замените jdk1.8.0_131.jdk С вашим путем JDK.)

проверьте расположение libjvm.файл dylib нужна.

попробуйте это, в моем случае это сработало:

dyn.load('/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-10.jdk/Contents/Home/lib/server/libjvm.dylib')
library(rJava)

здесь вы можете скачать устаревшую версию Java 6 для El Capitan:https://support.apple.com/kb/DL1572?viewlocale=en_US&locale=en_US После этого пакет rJava работает для меня.

выполните в командной строке следующие команды: sudo R CMD javareconf

несколько решений выше уже упоминали об этом, но они также предполагают, что один удалить и впоследствии переустановить rJava пакета. Я счел эти дополнительные шаги излишними.

эта строка ниже решила ту же проблему, что и у меня с rJava пакет, как и некоторые другие в этом обсуждении. Я уверен, что есть более чем одно решение этой проблемы, и я искренне благодарю их всех за их вклад, потому что иногда одна строка, как показано ниже, экономит много времени от мусора!

sudo ln -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib