читать.csv предупреждение "EOF в цитируемой строке" предотвращает полное чтение файла

Я новый пользователь-ish R и думал, что я опубликую это, если это поможет кому-то еще. Я пытался прочитать данные из текстового файла (разделенного запятыми), который включал несколько испанских символов, и мне потребовалась вечность, чтобы понять это. Я знал, что мне нужно использовать кодировку UTF-8, установить заголовок arg в TRUE, и что мне нужно установить sep arguemnt в",", но тогда я все равно повесил трубку. после прочтения этого поста Я попытался установить заполнение arg в TRUE, но затем получил тот же " EOF внутри цитируемая строка", которую я смог исправить таким же образом, как и выше. Мое успешное чтение.таблица выглядит так:

target <- read.table("target2.txt", fill=TRUE, header=TRUE, quote="", sep=",", encoding="UTF-8")

результат имеет символы испанского языка и такие же тусклые, которые у меня были изначально, поэтому я называю это успехом! Спасибо всем!

В разделе справки R, как указано выше, просто отключите цитирование в целом, просто добавив:

    quote = "" 

для чтения.csv() работал на меня.

ошибка, "EOF в кавычках строки", произошла с:

    > iproscan.53A.neg     = read.csv("interproscan.53A.neg.n.csv",
    +                        colClasses=c(pb.id      = "character",
    +                                     genLoc     = "character",
    +                                     icode      = "character",
    +                                     length     = "character",
    +                                     proteinDB  = "character",
    +                                     protein.id = "character",
    +                                     prot.desc  = "character",
    +                                     start      = "character",
    +                                     end        = "character",
    +                                     evalue     = "character",
    +                                     tchar      = "character",
    +                                     date       = "character",
    +                                     ipro.id    = "character",
    +                                     prot.name  = "character",
    +                                     go.cat     = "character",
    +                                     reactome.id= "character"),
    +                                     as.is=T,header=F)
    Warning message:
    In scan(file, what, nmax, sep, dec, quote, skip, nlines, na.strings,  :
      EOF within quoted string
    > dim(iproscan.53A.neg)
    [1] 69383    16

и в прочитанном файле отсутствовало 6 619 строк. Но отключив цитирование

    > iproscan.53A.neg     = read.csv("interproscan.53A.neg.n.csv",
    +                        colClasses=c(pb.id      = "character",
    +                                     genLoc     = "character",
    +                                     icode      = "character",
    +                                     length     = "character",
    +                                     proteinDB  = "character",
    +                                     protein.id = "character",
    +                                     prot.desc  = "character",
    +                                     start      = "character",
    +                                     end        = "character",
    +                                     evalue     = "character",
    +                                     tchar      = "character",
    +                                     date       = "character",
    +                                     ipro.id    = "character",
    +                                     prot.name  = "character",
    +                                     go.cat     = "character",
    +                                     reactome.id= "character"),
    +                                     as.is=T,header=F,**quote=""**)    
    > 
    > dim(iproscan.53A.neg)
    [1] 76002    16

работал без ошибок,и все строки были успешно прочитаны.

на самом деле, используя read.csv() чтобы прочитать файл с текстовым содержимым не является хорошей идеей, отключите цитату как set quote="" это только временное решение, оно работает только с отдельными кавычками. Есть и другие причины, которые могут вызвать предупреждение, например, некоторые специальные символы.

постоянное решение(используя read.csv()), выяснить, что это за специальные символы и использовать регулярное выражение для их устранения-это идея.

вы когда-нибудь думали об установке пакет {data.table} и использовать fread() читать файл. это намного быстрее и не будет беспокоить вас с этим предупреждением EOF. Обратите внимание, что загружаемый файл будет храниться как данные.объект таблицы, но не данные.объект кадра. Данные класса.таблица имеет много хороших функций, но в любом случае, вы можете преобразовать его с помощью as.data.frame() при необходимости.

Я также столкнулся с этой проблемой и смог обойти аналогичную ошибку EOF, используя:

read.table("....csv", sep=",", ...)

обратите внимание, что параметр separator определяется в более общем read.table().

У меня была аналогичная проблема: EOF-предупреждение, и только часть данных загружалась с чтением.csv (). Я попробовал кавычки="", но он только удалил EOF-предупреждение.

но глядя на первую строку, которая не загружалась, я обнаружил, что в одной из ячеек был специальный символ, стрелка → (шестнадцатеричное значение 0x1A). После удаления стрелки я получил данные для загрузки в обычном режиме.

У меня тоже была аналогичная проблема. Но в моем случае причина проблемы заключалась в наличии Апостроф (т. е. одинарных кавычек) в некоторых текстовых значениях. Это особенно часто происходит при работе с данными, включая тексты на французском языке, например "L'autre jour".

таким образом, решение состояло в том, чтобы просто настроить настройку по умолчанию аргумента цитаты, чтобы исключить символ"'", и, таким образом, использовать quote ="\"" (т. е. двойные кавычки только), все работало нормально.

Я надеюсь, что смогу помочь некоторым из вас. Овации.