Настройка пакета Python: setup.py с настройкой для обработки обернутого Фортрана
У меня есть пакет python, который я хотел бы распространить. У меня есть пакет настройки и я могу скачать tarball, распаковать и установить его с помощью:
python setup.py install
Который прекрасно работает.
Я также хотел бы загрузить пакет в PyPi и включить его установку с помощью pip.
Однако пакет содержит f2py, завернутый в fortran, и который должен быть скомпилирован при сборке с полученными файлами .so, перемещенными в конечную папку установки. Я не знаю, как это сделать. сделайте это, используя:
python3 setup.py sdist
Затем:
pip3 install pkg_name_here.tar.gz
Причина в том, что когда я бегу
python3 setup.py sdist
Выполняются пользовательские команды, часть которых пытается переместить скомпилированные файлы * so в папку установки, которая еще не создана. Пример схемы кода, которую я использовал, приведен в этом примере здесь :
from setuptools.command.install import install
from setuptools.command.develop import develop
from setuptools.command.egg_info import egg_info
'''
BEGIN CUSTOM INSTALL COMMANDS
These classes are used to hook into setup.py's install process. Depending on the context:
$ pip install my-package
Can yield `setup.py install`, `setup.py egg_info`, or `setup.py develop`
'''
def custom_command():
import sys
if sys.platform in ['darwin', 'linux']:
os.system('./custom_command.sh')
class CustomInstallCommand(install):
def run(self):
install.run(self)
custom_command()
class CustomDevelopCommand(develop):
def run(self):
develop.run(self)
custom_command()
class CustomEggInfoCommand(egg_info):
def run(self):
egg_info.run(self)
custom_command()
'''
END CUSTOM INSTALL COMMANDS
'''
setup(
...
cmdclass={
'install': CustomInstallCommand,
'develop': CustomDevelopCommand,
'egg_info': CustomEggInfoCommand,
},
...
)
В моем примере custom_command() компилирует и обертывает fortran и копирует lib-файлы в папку установки.
Что я хотел бы знать, есть ли способ только запускать эти пользовательские команды во время установки с pip? т. е. избегайте запуска custom_command () во время упаковки и только во время установки.
Обновление
Следуя предложению Пьера де Бюйля, я добился некоторого прогресса, но все еще не имею этой работы.Setup.py файл в данный момент выглядит примерно так:
def setup_f90_ext(parent_package='',top_path=''):
from numpy.distutils.misc_util import Configuration
from os.path import join
config = Configuration('',parent_package,top_path)
tort_src = [join('PackageName/','tort.f90')]
config.add_library('tort', sources=tort_src,
extra_f90_compile_args=['-fopenmp -lgomp -O3'],
extra_link_args=['-lgomp'])
sources = [join('PackageName','f90wrap_tort.f90')]
config.add_extension(name='',
sources=sources,
extra_f90_compile_args=['-fopenmp -lgomp -O3'],
libraries=['tort'],
extra_link_args=['-lgomp'],
include_dirs=['build/temp*/'])
return config
if __name__ == '__main__':
from numpy.distutils.core import setup
import subprocess
import os
import sys
version_file = open(os.getcwd()+'/PackageName/'+ 'VERSION')
__version__ = version_file.read().strip()
subprocess.call(cmd, shell=True)
config = {'name':'PackageName',
'version':__version__,
'project_description':'Package description',
'description':'Description',
'long_description': open('README.txt').read(),#read('README.txt'),
}
config2 = dict(config,**setup_f90_ext(parent_package='PackageName',top_path='').todict())
setup(**config2)
Где f90wrap_tort.f90 - это f90wrapped файл fortran, и деликт.f90-это оригинальный fortran.
Этот файл работает с python setup.py install
, Если я выполняю команду дважды
При первом запуске python setup.py install
я получаю следующую ошибку:
gfortran:f90: ./PackageName/f90wrap_tort.f90
f951: Warning: Nonexistent include directory ‘build/temp*/’ [-Wmissing-include-dirs]
./PackageName/f90wrap_tort.f90:4:8:
use tort_mod, only: test_node
1
Fatal Error: Can't open module file ‘tort_mod.mod’ for reading at (1): No such file or directory
compilation terminated.
f951: Warning: Nonexistent include directory ‘build/temp*/’ [-Wmissing-include-dirs]
./PackageName/f90wrap_tort.f90:4:8:
use tort_mod, only: test_node
1
Fatal Error: Can't open module file ‘tort_mod.mod’ for reading at (1): No such file or directory
Причина, по которой я поместил аргумент include_dirs=['build/temp*/']
в расширение, заключалась в том, что я заметил, что после запуска python setup.py install
первый раз tort_mod
был построен и сохранен там.
Чего я не могу понять, так это как правильно установить связь, чтобы все это было сделано в один шаг.
Может ли кто-нибудь увидеть, кто я такой? пропал?1 ответ:
Немного погуглив, я предлагаю следующее:
- Используйте distutils NumPy
- используйте ключевое слово
add_library
(см.здесь ) для ваших простых файлов Fortran. Это позволит построить файлы Fortran как библиотеку, но не пытаться взаимодействовать с ними с помощью f2py.- предварительно соберите обертки f90 с помощью f90wrap, включите их в свой архив пакетов и укажите эти файлы в качестве источника в расширении.
Я не тестировал все решение, так как это занимает немного времени, но это то, что SciPy делает для некоторых своих модулей, см. здесь.
Документация NumPy имеет пункт над
add_library
EDIT 1: после сборки с конфигурацией
include_dirs=['build/temp.linux-x86_64-2.7'])
я получаю эту структуру каталогов при первой попытке сборки.build/lib.linux-x86_64-2.7 ├── crystal_torture │ ├── cluster.py │ ├── dist.f90 │ ├── f90wrap_tort.f90 │ ├── graph.py │ ├── __init__.py │ ├── minimal_cluster.py │ ├── node.py │ ├── node.pyc │ ├── pymatgen_doping.py │ ├── pymatgen_interface.py │ ├── tort.f90 │ ├── tort.py │ └── tort.pyc └── crystal_torture.so